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SPM과 CAT toolbox를 이용해 뇌의 구조, structural MRI (sMRI)를 분석하는 방법에 대해 본격적으로 알아봅시다. SPM와 CAT toolbox의 인스톨에 관련해서는 이전에 설명해 놓았으니 혹시 아직 안되어 있다면 이전 글을 참조해주세요. # SPM 인스톨 뇌영상 분석_SPM_1) SPM 다운로드 및 설치 SPM 소프트웨어는 MATLAB을 기반으로하는 뇌영상 데이터를 분석하는 소프트웨어 입니다. fMRI, PET, SPECT, EEG, MEG 같은 다양한 뇌영상 데이터를 분석할 수 있습니다. SPM의 가장 최신버전은 2014년 10월�� happy-min.tistory.com # CAT 툴박스 인스톨 뇌영상 분석_SPM_CAT(Computational Anatomy Toolbox)..

오늘은 SPM과 CAT 툴박스를 이용하여 structural MRI (sMRI)를 분석하기 앞서 대략적인 개요를 알아봅시다. sMRI를 분석하는 방법에는 여러가지가 있는데요. 크게 보자면 Voxel-based Morphometry(VBM)과 Surface-based Morphometry(SBM)이 있습니다. VBM은 MRI 영상의 뇌 전체를 작은 복셀(voxel) 단위로 통계분석을 함으로 뇌의 부피의 감소나 증가를 분석하는 방법입니다. SBM은 MRI 영상으로부터 뇌 표면을 계측해 피질 두께(cortical thickness), 뇌 피질 주름 정도(gyrification indices), 뇌피질 고랑의 깊이 (Sulcus depth), 뇌피질 복잡성(cortical complexity)와 같은 지표를 구..

오늘은 SPM의 창이 어떻게 구성되어 있는지, 그리고 좀 더 편하게 분석하기 위해서 작업 디렉토리를 어떻게 설정하는지에 대해 설명하고자 합니다. SPM을 동작하면 나타나는 SPM 창의 구성에 대해 간단히 설명하고자 해요. MATLAB의 Command window에 'spm'이라고 입력하고 실행시켜주세요. 그리고 VBM을 위해서 'PET & VBM' 메뉴를 선택해주세요. 그럼 아래처럼 SPM12가 실행되고, SPM은 3 개의 창으로 구성되어 있습니다. 하나씩 살펴봅시다. 왼쪽 상단의 창은 메뉴 (Menu) 창입니다. 여러가지 분석을 위한 메뉴들로 구성되어 있습니다. 왼쪽 하단의 창에는 처리과정이 표시됩니다. 실행시킨 분석이 어느 정도로 진행되었는지를 시각화하여 보여주게 됩니다. 오른쪽의 세로로 긴 창은 그..

MRI를 촬영하면, 사람마다 머리 위치가 다르기도 하지만, 기울기가 다르기도 합니다. 각 사람의 머리 위치 및 머리 기울기가 다르기 때문에, MRI 분석을 위해서는 머리 위치 및 기울기를 맞춰주는 작업이 필요합니다. 머리 위치 및 기울기를 맞추기 위해서, 뇌의 중요 포인트를 기준으로 정렬을 하게 되는데요. AC (Anterior Commissure, 전교련)과 PC (Posterior Commissure, 후교련)가 그 중요 포인트가 됩니다. 이 두 포인트는 좌뇌와 우뇌를 이어주는 교차으로써 뇌신경의 축색이 지나가는 경로로써, 뇌영상에서 비교적 구별하기 쉽습니다. 오른쪽 MRI 영상에서 AC와 PC를 찾으면, 왼쪽 그림에서 빨갛게 표시된 좌표가 AC, 노랗게 표시된 좌표가 PC입니다. SPM에서는 AC을..

CAT는 Computational Anatomy Toolbox의 약자로서, 뇌이미지를 VBM (Voxel-based morphometry), DBM (Deformation-based morphometry), SBM (Surface-based morphometry), ROI (Region of interest) 분석하는 SPM 기반의 툴박스입니다. 이 약자가 고양이의 스펠링과 같아서 고양이가 들어간 심볼~~ㅎㅎ 컨셉을 참 잘 잡은 것 같아요~ 색깔도, 고양이도 너무 귀엽다능~~~>_